日本の大豆は、伝統的に豆腐、味噌、茹で大豆などの大豆食品を生産するために育種されています。ここでは、ゲノム構造変異（SV）を含む独自のゲノム特性を調査するために、日本および他の大豆系統のために11のナノポアベースのゲノム参照を構築しました。私たちのアセンブリベースの比較手法「Asm2sv」は、遺伝子レベルのSVを包括的に特定し、世界中の462の品種と系統のパンゲノム分析を可能にしました。これに基づいて、日本とアメリカの大豆の間で選択的掃引を特定し、その一つが莢破裂耐性遺伝子PDH1でした。ゲノムワイド関連解析により、日本の大豆系統の大粒表現型に寄与するいくつかの量的形質座が特定され、その中にはPDH1を含む選択的掃引の領域に近いものもありました。特に、SVを含む特定のアレルの組み合わせが、一部の日本の在来種の種子サイズを増加させることが見つかりました。栽培環境の違いに加えて、特異な食品加工の用途が日本の大豆ゲノムの変化をもたらす可能性があります。
